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IMEC的ELPrep软件加速了基因组测序分析

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序列分析

纳米电子和数字技术的创新者Imec,Leuven比利时最近发布了ElPrep 4.0,该公司最新版本的软件工具,以加速人类DNA测序分析。

根据Imec的说法,ElPrep 4.0使全基因组和外显子处理流水线加速了一个数量级,节省典型实验室数百小时的计算机处理时间,并促进更快完成更多的DNA测试。ElPrep 4.0被设计为用于替换基因组分析工具包最佳实践管道为变量调用定义的准备步骤,同时提供相同的结果。

DNA测序包括将人类基因组分裂成数千个片段,然后将其送给测序仪以识别基因组的个体碱基。该过程产生大量的数据文件,这些文件通过工具流水线进行处理,以重建原始DNA序列,并鉴定可能导致遗传病症的变体。人类全基因组DNA的数据集通常是几百千兆字节的未压缩数据,导致每个基因组的典型处理时间为几十小时。

ElPrep 4.0执行DNA测序的所有准备步骤,直到变体调用。它可以取代GATK 4.0等DNA测序分析软件,皮卡德SAMtools同时产生相同的结果。ElPrep软件的体系结构使得它能够仅通过数据一次执行分析管道,不管管道有多长。

ElPrep被设计为完全在内存中运行的多线程应用程序,避免重复的文件输入/输出,并对几个DNA测序制备步骤的数据计算进行合并。在典型的运行中,Imec说,ElPrep软件比使用相同资源的其他软件工具快10倍。william hill公司官方网站

欲了解更多信息,参观IMEC.

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